В новом мире, оставшемся после Великой войны, изменилось всё. В тени огромного города Залема, висящего в небе, раскинулся мегаполис, где люди живут посреди тонн мусора, сброшенного сверху. Здесь процветает преступность, здесь люди борются за существование, а биология и техника слились воедино. Добро пожаловать в Айрон сити! Дайсон Идо — одинокий доктор, ремонтирующий киборгов и старающийся изо всех сил помочь жителям Айрон сити. Но Идо ведет двойную жизнь, ведь он никак не может забыть о том, почему оказался здесь, внизу, посреди этой огромной свалки. Хьюго, молодой человек, перебивающийся мелкими кражами, решает, что ему улыбнулась удача, вот только казавшаяся выгодной афёра неожиданно приводит Хьюго к тайнам, скрытым в его собственном прошлом. Вектор, самый могущественный бизнесмен в городе, хочет завладеть новой технологией, способной дать ему безграничную власть. Никто из них ещё не знает, что вскоре их пути сойдутся, а мир вокруг изменится навсегда.

Это приквел к научно-фантастическому фильму «Алита: Боевой ангел», снятому Робертом Родригесом и Джеймсом Камероном по культовой манге Юкито Кисиро «Боевой ангел Алита».