В международном агентстве «Люди в чёрном» назревает реальный кризис. «Крот» в рядах агентства помогает агрессивной расе инопланетян, известной как Рой, ввергнуть Вселенную в хаос. Эта миссия заставит агентов помотаться по земному шару: из Лондона в Марокко, а оттуда — на Эйфелеву башню. А значит, нужны двое агентов, способных видеть правду там, где другие не могут её разглядеть, чтобы победить Рой, выявить предателя и спасти Вселенную.